Maskottendatenbanksuche gt Hilfe gt Zusammenfassungsberichte für MSMS-Zusammenfassungsberichte für MSMS Nach Beendigung der Suche wird ein zusammenfassender Bericht angezeigt, der einen Überblick über die Ergebnisse liefert. Es gibt eine Auswahl von Berichtsformaten und alle Berichte enthalten Links zu detaillierteren Ansichten der experimentellen und berechneten Daten. Für die Suche von weniger als 300 MSMS-Spektren ist der Standard-Zusammenfassungsbericht die Peptid-Zusammenfassung. Dies liefert ein klares Bild der Peptid-Übereinstimmungen, gruppiert in Protein-Treffer mit einem einfachen Parsimony-Algorithmus. Wenn es 300 oder mehr Spektren gibt, ist der Standardzusammenfassungsbericht die Zusammenfassung der Proteinfamilie. Dieses gruppiert die Proteine in Familien basierend auf einem neuartigen hierarchischen Clustering-Algorithmus und präsentiert diese Ergebnisse eine Seite zu einer Zeit, zunächst mit 10 Familien pro Seite. Dieser Bericht eignet sich ideal für sehr große und komplexe MSMS-Suchen, bei denen es nicht praktisch ist, alle Ergebnisse auf einer einzigen HTML-Seite anzuzeigen. Weitere Informationen über die Zusammenfassung der Proteinfamilie finden Sie unter Koskinen, V. R. Hierarchisches Clustering von Shotgun Proteomics-Daten 2011 MCP 10 M110.003822 Sie können die Format-Steuerelemente verwenden, um zu einer Zusammenfassung auswählen zu wechseln. Die ähnlich einer Peptid-Zusammenfassung ist, aber eine kompaktere Ansicht der Ergebnisse liefert. Die Select-Zusammenfassung teilt die Peptid-Übereinstimmungen, die Protein-Hits zugeordnet sind, in einen separaten Bericht aus den nicht zugewiesenen Peptid-Übereinstimmungen. Für die Suche von weniger als 1000 MSMS-Spektren können Sie auch eine Protein-Zusammenfassung auswählen, aber es wird nicht empfohlen, dies zu tun, es sei denn, Sie sehen die Ergebnisse einer Kombinations-Suche. Wenn die Probe ein Gemisch ist, kann unter Verwendung eines der Protein-Zusammenfassungsberichte, um die Ergebnisse anzusehen, ein sehr irreführendes Bild ergeben. Wenn Sie MSMS-Recherchen an einen internen Maskottchen-Server übermitteln und die Ergebnisse als Peptid-Zusammenfassung anzeigen, haben Sie auch die Möglichkeit, einen Archivbericht zu erstellen. Dies ist einfach eine bearbeitete Version des Peptide Summary-Berichts, die nur die ausgewählten Protein-Treffer enthält. Wenn es keine Peptidsequenzübereinstimmungen aus einer Suche von MSMS-Daten gibt, nur Molekulargewichts-Übereinstimmungen, dann wird ein Protein-Zusammenfassungs-Bericht angezeigt. Dies bedeutet, dass die Suche fehlgeschlagen ist. Möglicherweise sind die Spektren nichts als Rauschen oder möglicherweise die Suchparameter sind in irgendeiner Weise falsch. Zusammenfassung der Proteine Die Abschnitte des Berichts werden in der Reihenfolge beschrieben, in der sie auftauchen. Verwenden Sie diesen Link, um einen Beispielbericht in einem neuen Browserfenster oder Tab zu öffnen. (Die Zusammenfassung der Proteinfamilie macht umfangreiche Verwendung von JavaScript und skalierbaren Vektorgrafiken. Für die volle Funktionalität verwenden Sie einen modernen Webbrowser mit nativer SVG-Unterstützung. Weitere Details auf dieser Seite.) Die meisten Informationen in einer Familienzusammenfassung sind in Abschnitte gegliedert, die können Angezeigt oder ausgeblendet werden. Verbindungen, die zwischen den beiden Zuständen umschalten, werden durch das benachbarte Dreieck leicht erkannt. Das Dreieck zeigt nach rechts, wenn der Abschnitt zusammengeklappt ist, und zeigt nach unten, wenn der Abschnitt erweitert wird. Am oberen Rand des Berichts befinden sich ein paar Zeilen, um die Suche eindeutig zu identifizieren: Suchtitel, Datum, Benutzername usw. Die Datenbankversion wird entweder mit einer Freigabenummer oder mit einem ISO-Dateampel identifiziert. Eine Suche kann leicht wiederholt werden, um die Wirkung von Änderungen der Suchparameter zu untersuchen. Die Optionen für die Wiederholung einer Suche werden durch die Optionsfelder für Alle Abfragen festgelegt. Nicht signifikant (unterhalb der Identitätsschwelle) und Unassigned. Eine Dropdown-Liste enthält verfügbare Exportformate. Markieren Sie das gewünschte Format und wählen Sie Exportieren. Es gibt auch einen Link, um zum vorherigen Bericht "Zusammenfassung auswählen" zurückzukehren, falls Sie eine Drittanbieter-Softwareanwendung verwenden, die nur die früheren Berichtsformate akzeptiert. Suchparameter Die Suchparameter können durch Anklicken der Unterüberschrift angezeigt oder ausgeblendet werden. Beschreibungen der einzelnen Suchparameter finden Sie hier. Score Verteilung Histogramme zur Veranschaulichung der Peptid - und Protein-Score Verteilungen können angezeigt oder ausgeblendet werden, indem Sie auf die Unterüberschrift. Das linke Histogramm zeigt die Peptidverteilung, aufgeteilt in 16 Bins. Die Höhen der Balken zeigen die Anzahl der Streichhölzer in jedem Fach. Ähnlich zeigt das rechte Histogramm die 50 höchsten Proteinwerte. Für eine Suche von MSMS-Daten werden Protein-Scores aus Ionen-Scores als nicht-probabilistische Basis für die Klassifizierung von Protein-Hits abgeleitet. Das Protein-Score-Histogramm hat wenig Bedeutung für MSMS-Ergebnisse, wird aber aus historischen Gründen beibehalten. Modifikationsstatistiken In dieser Tabelle ist die Gesamtzahl der Instanzen jeder Modifikation aufgeführt, die in signifikanten Übereinstimmungen gefunden wurden. Für eine fehlertolerante Suche gibt eine zweite Spalte die Zählwerte für die fehlertoleranten Übereinstimmungen an. Dies kann nützlich sein, um zu beurteilen, ob irgendwelche unerwarteten Modifikationen so groß sind, daß sie als variable Modifikationen für die erste Durchlaufsuche ausgewählt werden sollten. Eine Legende, die erklärt, wie Schriftart und - farbe verwendet werden, um Informationen über einzelne Peptid-Matches zu übermitteln, können angezeigt oder ausgeblendet werden, indem Sie auf die Unterüberschrift klicken. Rot gibt die übergeordnete Peptid-Übereinstimmung für die Abfrage an. Fettdruck bedeutet signifikant (Punktzahl größer als Homologieschwelle). Beachten Sie, dass diese Bedeutung von fett ist anders als die in der Peptid-Zusammenfassung und wählen Sie Zusammenfassung. Kursivschrift wird für eine doppelte Übereinstimmung verwendet (mehr als eine Abfrage passt zu derselben Peptidsequenz mit denselben Modifikationen und dem Ladezustand). Format-Steuerelemente Diese Steuerelemente ermöglichen das Ändern des Berichtsformats. Nachdem Sie die Änderungen vorgenommen haben, drücken Sie die Schaltfläche "Formblatt", um den Bericht mit den neuen Einstellungen neu zu laden. Signifikanzschwelle Die Default-Signifikanzschwelle beträgt p lt 0,05. Sie können dies auf einen beliebigen Wert im Bereich 0,99 bis 1E-18 ändern. Maximale Anzahl von Familien Dieser Wert wurde zunächst bei der Suche ausgewählt. Geben Sie eine positive Ganzzahl ein, wenn Sie die Anzahl der zu meldenden Proteinfamilien neu festlegen möchten. Natürlich kann die Gesamtzahl der tatsächlich durch die Suche gefundenen Familien geringer sein. Wenn Sie das Wort AUTO oder den Wert 0 eingeben, werden alle Familien angezeigt, die mindestens eine Peptid-Übereinstimmung mit einer signifikanten Punktzahl aufweisen. Nicht signifikante Streichungen anzeigen Wenn nicht markiert, werden nur signifikante Streichungen angezeigt. Das macht den Bericht kürzer und besser lesbar. Aktivieren Sie dieses Kontrollkästchen, um alle Übereinstimmungen anzuzeigen, auch wenn es sich um falsche Werte handelt. (Beachten Sie, dass dieses Steuerelement durch ein Bearbeitungsfeld ersetzt werden kann, das es Ihnen ermöglicht, einen expliziten Erwartungswert oder Partiturbegrenzung festzulegen.) Weitere Informationen finden Sie im Installationshandbuch für DisplayNonSignificantMatches.) Dendrograms cut on Setzt alle Dendrogramme aus Bei der angegebenen Punktzahl. Die folgenden Steuerelemente werden nur für bestimmte Suchtypen angezeigt: UniGene-Index (Wird nur bei der Suche nach einer Nucleinsäure-Datenbank angezeigt, wenn UniGene-Indexdateien konfiguriert wurden) Wählen Sie den UniGene-Index, der für die Clusterung der Proteine in genbasierte Familien verwendet wird. Fehlertolerante Übereinstimmungen (nur für eine automatische fehlertolerante Suche angezeigt) Über eine Dropdown-Liste können Sie zwischen standardmäßigen und fehlertoleranten Übereinstimmungen (Standardeinstellung) wechseln und nur die Standardübereinstimmungen anzeigen und nur die fehlertoleranten Übereinstimmungen anzeigen. Show Percolator scores (Nur für Suchvorgänge angezeigt, die die Anforderungen für die Verwendung von Percolator erfüllen) Überprüfen Sie, ob die von Percolator angepassten Scores und Erwartungswerte angezeigt werden sollen. Bevorzugte Taxonomie Wenn die Suche ein Quantifizierungsverfahren verwendet, das das Multiplex - oder Reporter-Protokoll spezifiziert, gibt es einen zusätzlichen Block von quantitätsbezogenen Kontrollen, wie hier beschrieben. Kontrollkästchen können verwendet werden, um die Anzeige von Protein - und Peptidverhältnissen umzuschalten. Wenn die Suche die automatische Entschlüsselungsoption enthielt, werden im letzten Abschnitt der Kopfzeile falsche Ermittlungsrateninformationen angezeigt. Der Körper des Berichts besteht aus drei Registerkarten, einer für Protein-Familien, einer für Berichts-Generator. Und eine für nicht zugewiesene Spiele. Proteinfamilien Proteine werden in Familien unter Verwendung eines neuartigen hierarchischen Clustering-Algorithmus gruppiert. Wenn die Familie ein einzelnes Mitglied enthält, werden die Zugangszeichenfolge, die Proteinbewertung und die Beschreibung aufgelistet. Wenn die Familie mehrere Mitglieder enthält, werden die Beitritte, Punkte und Beschreibungen mit einem Dendrogramm, das den Grad der Ähnlichkeit zwischen den Mitgliedern veranschaulicht, ausgerichtet. Um vollständige Informationen über die Proteine in der Familie und die Peptid-Übereinstimmungen zu sehen, die jedem Familienmitglied zugewiesen sind, klicken Sie auf den Familiennamenlink. Im Beispielergebnisbericht. Family 3 hat 3 Mitglieder. Um den Bericht präziser zu definieren, legen Sie die Ionenzahl fest oder erwarten Sie einen Cut-off auf 0,05 und wählen Sie Filter. Dadurch werden alle niedrigen Scoring-Matches entfernt. Jetzt erweitern Sie Familie 3, indem Sie auf den Familienzahllink klicken. Das Dendrogramm veranschaulicht den Grad der Ähnlichkeit zwischen Mitgliedern einer Proteinfamilie. Die Skala ist Ionen-Score, und HSP7CMOUSE und HS71LMOUSE bei einer Punktzahl von etwa 30 beitreten. Dies entspricht der Punktzahl der signifikanten Streichhölzer, die verworfen werden müssten, um ein Protein ein Untersatz des anderen machen. Diese beiden Proteine sind viel ähnlicher zu einem anderen als zu GRP78MOUSE, das nicht geteilte Peptid-Übereinstimmungen mit einer Gesamtpunktzahl von ungefähr 145 aufweist. Es ist zu beachten, dass, wenn mehrere Übereinstimmungen mit derselben Peptidsequenz vorliegen (Ignorieren des Ladungszustands und des Modifikationszustands ), Ist es die höchste Punktzahl für jede Sequenz, die verwendet wird. Unmittelbar unter dem Dendrogramm ist eine Liste der Proteine. In diesem Beispiel, weil SwissProt hat eine geringe Redundanz, ist jedes Familienmitglied ein einzelnes Protein. In anderen Fällen stellt ein Familienmitglied mehrfache gleiche Satz Proteine dar. Eines der Proteine wird als das Ankerprotein ausgewählt, das als erstes aufgeführt werden soll, und die anderen Proteine gleichen Satzes werden unter demselben Satz zusammengefasst. Es gibt nichts Besonderes an dem Protein, das für die Ankerposition ausgewählt wird. Sie können eine Präferenz für eine nach Taxonomie oder Beschreibung haben, aber alle Proteine in einer Gruppe gleichen Sets sind nicht unterscheidbar auf der Grundlage der Peptid-Match-Nachweis. Wenn Sie auf den Accession-String-Link klicken, wird ein Protein-View-Bericht geladen. Für jedes der Proteine, neben der Protein-Punktzahl und Masse, gibt es die Anzahl der Übereinstimmungen und die Anzahl der verschiedenen Sequenzen. In jeder Spalte ist die erste Zahl die Gesamtzählung, während die Zahl in Klammern die Zählung für Übereinstimmungen oberhalb der Signifikanzschwelle ist. Wenn Sie den Bericht gefiltert haben, um nur Übereinstimmungen über dem Schwellenwert zu enthalten, wie vorgeschlagen, werden die beiden Zahlen immer die gleichen sein. Um die Peptide zu sehen, die HSP7CMOUSE und HS71LMOUSE unterscheiden, deaktivieren Sie das Kontrollkästchen für GRP78MOUSE und wählen Redisplay. Die Tabelle der Peptid-Übereinstimmungen wird für diese beiden Proteine auf Zeilen und Spalten reduziert, was es einfacher macht, die Streichhölzer zu vergleichen. Ein Marker zeigt an, dass ein bestimmtes Peptid in einem bestimmten Protein gefunden wird. Es kann gesehen werden, dass HS71LMOUSE ein Untersatz von HSP7CMOUSE wäre, wenn es nicht für eine Übereinstimmung, K. ATAGDTHLGGEDFDNR. L, die in HS71LMOUSE und nicht in HSP7CMOUSE vorhanden war. Es ist die signifikante Punktzahl für diese Übereinstimmung, die die beiden Proteine im Dendrogramm durch einen Abstand von 32 (Score von 55 8211 Homologieschwellenwert von 23) trennt. Wenn Sie ein wenig mehr aussehen, werden Sie feststellen, dass K. STAGDTHLGGEDFDNR. M eine schwache Übereinstimmung in HSP7CMOUSE hat. So kommt der Nachweis für beide vorhandenen Proteine zu einem einzigen Rückstand. Wenn S221 in HSP7CMOUSE ein A war oder A223 in HS71LMOUSE ein S war, dann wäre HS71LMOUSE ein untergeordnetes Protein. Interessanterweise ist die stärkere Übereinstimmung für die Sequenz im Protein mit weniger Streichhölzern gefunden. Dies könnte ein Zufall sein, oder es könnte sein, dass die Analytsequenz im Wesentlichen HSP7CMOUSE, aber mit einem A an dieser Position war. Sie können das Dendrogramm mit den darunter liegenden Steuerelementen ankreuzen. Das Schieberegler-Steuerelement funktioniert möglicherweise nicht in allen Browsern. Wenn dies der Fall ist, können Sie einen numerischen Wert in das Schwellenfeld eingeben. Mit dem Schieberegler oder durch Eingabe einer Zahl, stellen Sie den Grenzwert auf 50 und wählen Sie Ausschneiden. HS71LMOUSE wird aus dem Dendrogramm und der Peptid-Match-Tabelle gelöscht, da es nun ein Subset-Protein ist. Wenn Sie die Übereinstimmungen mit HSP7CMOUSE mit denen zu GRP78MOUSE vergleichen, wird deutlich, dass es sich um sehr unterschiedliche Proteine handelt. Sie sind Teil der gleichen Familie wegen der zwei geteilten Streichhölzer, LIGDAAK und IINEPTAAAIAYGLD, aber viele hoch signifikante Streichhölzer müssten für jedes Protein verworfen werden, um ein Untersatz des anderen zu werden. Auf diese Weise können wir schnell aus der Zusammenfassung der Proteinfamilie ableiten, dass es reichlich Hinweise darauf gibt, dass sowohl GRP78MOUSE als auch HSP7CMOUSE in der Probe vorhanden waren. Es gibt wenig Beweise für HS71LMOUSE. Wahrscheinlicher ist, dass das HSP7CMOUSE eine SNP oder zwei relativ zur Datenbanksequenz enthielt. Die Peptid-Match-Tabelle enthält die folgenden Spalten: Query number, hyperlinked to Peptide View. Dupes ist ein Zählwert der Anzahl zusätzlicher Übereinstimmungen zu derselben Peptidsequenz mit denselben Modifikationen und Ladungen. Klicken Sie auf die Dreiecksverbindung, um diese doppelten Übereinstimmungen zu erweitern, die die gleiche oder niedrigere Punktzahl haben, als die zuerst aufgeführte Experimentelle mz - Werte Experimentelle mz, die zu einer relativen Molekülmasse transformiert wurde. Relative Molekularmasse, berechnet aus der angepassten Peptidsequenz Differenz (Fehler) zwischen der Experimentelle und berechnete Massen Anzahl der verpassten Spaltstellen Ions Score 8211 Wenn es doppelte Übereinstimmungen zum selben Peptid gibt, werden die unteren Scoring-Übereinstimmungen in Klammern angezeigt. Erwartungswert für die Peptid-Übereinstimmung. (Die Zahl, die wir erwarten würden, eine gleich - oder höhere Punktzahl zu erhalten, rein zufällig. Je niedriger dieser Wert, desto signifikanter das Ergebnis). Rang der Peptid-Übereinstimmung, (1 bis 10, wobei 1 die beste Übereinstimmung ist). Wenn es ein Dreieck links vom Rang gibt, kann die Zeile erweitert werden, um die alternativen Übereinstimmungen für diese Abfrage anzuzeigen. Ein Buchstabe U, wenn die Peptidsequenz für ein Proteinfamilienmitglied eindeutig ist. Eine Spalte wird für jedes Familienmitglied angezeigt, das von seinem Kontrollkästchen direkt über der Tabelle ausgewählt wird. Eine Markierung wird gezeigt, wenn die Peptid-Übereinstimmung im Protein vorhanden ist. Wenn eine Säule mehr als ein Protein darstellt und das Peptid in einigen dieser Proteine gefunden wird, aber nicht alle, ist der Marker grau. Andernfalls ist es schwarz. Sequenz des Peptids in 1-Buchstaben-Code. Die Reste, die die Peptidsequenz im Protein tragen, sind ebenfalls durch Perioden begrenzt dargestellt. Wenn das Peptid den Protein-Terminus bildet, wird stattdessen ein Bindestrich angezeigt. Irgendwelche variablen Modifikationen, die verwendet werden, um die Übereinstimmung zu erhalten Wenn die Peptidsequenz modifiziert ist, ist jeder betroffene Rest unterstrichen. Details der Änderung werden angezeigt, wenn der Mauszeiger über dem Rest liegt. Wenn mehrere Übereinstimmungen mit einer Abfrage identische Scores aufweisen, d. h. die Sequenzen verschieden sind, aber in massenspektrometrischen Terme identisch sind, werden sie zu einer einzigen Consensuspeptidsequenz zur Anzeige zusammengefaltet. Die Reste, die sich zwischen den Streichhölzchen unterscheiden, werden in Kleinbuchstaben angezeigt. Wenn zum Beispiel die Deamidierung eine variable Modifikation war und ein Protein die Sequenz FASFIDK enthielt und ein anderes Protein in derselben Familie FASFI N K enthielt (Deamidierung bei N), dann würde die Tabelle FASFIdK zeigen. Klicken Sie auf den Rang, um die alternativen Übereinstimmungen für die Abfrage zu erweitern, und die tatsächlichen Peptidsequenzen werden angezeigt. Kontrollen am oberen und unteren Rand der Registerkarte können verwendet werden, um zwischen den Seiten zu wechseln und die Anzahl der Proteinfamilien pro Seite zu ändern. Es gibt auch Schaltflächen zum Erweitern und Zusammenbrechen aller Informationen auf der Seite. Am oberen Rand der Registerkarte befinden sich Textsteuerelemente. Sie können den Bericht für Proteine und Peptide mit numerischen oder Text-Werten durchsuchen. Suche nach Proteinen durch: Suche nach Peptiden durch: Abfrage-Nummer Beobachtet mz Mr (expt) Mr (calc) Sequenz Feste Modifikation Variable Modifikation Wenn das Ziel gefunden wird, wird das erste Vorkommen hervorgehoben, und wenn nötig, wird die Seite blättern und expandieren . Wenn das Ziel an mehreren Orten in einer Familie gefunden wird, werden alle Übereinstimmungen markiert. Wählen Sie Weiter oder Zurück, um in anderen Familien vorwärts oder rückwärts zu anderen Instanzen des Ziels zu springen. Wenn das Ziel nicht gefunden wird, bietet eine Schaltfläche die Option, die Suche im Register Nicht zugeordnet auszuführen. Berichts-Generator Auf der Registerkarte Berichts-Generator können Sie eine benutzerdefinierte Tabelle von Protein-Hits erstellen, die besonders nützlich ist, wenn Sie eine minimale Liste von Proteinen für eine Publikation benötigen. Sie können wählen, welche Spalten einzuschließen und ihre Reihenfolge, Filter aus Proteinen, die nicht von Interesse sind, wie z. B. One-Hit-Wunder, und exportieren Sie die Tabelle im CSV-Format direkt auf Excel. Die Tabelle hat eine Zeile für jeden der obersten Ebene Protein-Treffer, manchmal auch Anchor-Proteine. Da eine Familie mehrere Familienmitglieder enthalten kann, gruppiert, weil sie Peptide geteilt haben, gibt es so viele Zeilen in der Tabelle, wie es Familienmitglieder in dem Bericht gibt. Wenn die Suchresultate dieselben Proteine enthalten und eine bevorzugte Taxonomie ausgewählt wurde, gilt dies auch für die Selektion von Ankerproteinen für die Tabelle. Sie können die Tabelle sortieren, indem Sie auf eine Spaltenüberschrift klicken. Die aktuell aktive Sortierreihenfolge wird durch einen Pfeil in der entsprechenden Spalte angezeigt. Die Tabelle kann als CSV mit einem Klick exportiert werden, wobei die Sortierreihenfolge beibehalten wird. Die Spalten sind meist selbsterklärend, und die Tooltip-Hilfe wird angezeigt, wenn der Mauszeiger über einem Spaltenkopf steht. Wenn Sie auf einen Familiennamen-Hyperlink klicken, springen Sie zu der Familie, die auf der Registerkarte Proteine angezeigt wird. Wenn Sie auf einen Hyperlink für die Hyperlinks klicken, wird ein Protein-View-Bericht geladen. Wenn die Suche die Quantifizierung unter Verwendung von Reporter - oder Multiplex-Protokollen beinhaltete, sind auch Informationen zur Quantifizierung der Proteine verfügbar. Um Spalten auszuwählen und neu anzuordnen, erweitern Sie den Abschnitt Spalten. Verwenden Sie die Dropdown-Liste Arrangement, um eine gespeicherte Anordnung zu laden, oder wählen Sie ltcustomgt, um den Bericht zu konfigurieren, indem Sie Spalten zwischen den beiden Listen verschieben. Die Spalten werden in Gruppen eingeteilt. Der grundlegende Satz von Spalten, die immer verfügbar sind, sind unter 8220Protein hits8221. Quantitätsergebnisse erzeugen einen Satz von Spalten für jedes angegebene Verhältnis. In der aktivierten Liste können Sie einzelne Spalten, CTRLclick mehrere Spalten oder SHIFTKlicken Sie einen Bereich von Spalten und verwenden Sie die nach oben und unten Pfeile, um ihre relative Position ändern. Die Änderungen werden übernommen, wenn Sie Übernehmen wählen. Wenn die Maskottchensicherheit aktiviert ist und es eine Anordnung gibt, die Sie möglicherweise wieder verwenden möchten, können Sie die Anordnung in Ihrer Sicherheitssitzung speichern. Nach Auswahl von Apply geben Sie der Anordnung einen Namen und wählen Sie Speichern. Gespeicherte Arrangements können über die oben erwähnte Dropdown-Liste geladen werden. Wenn die Anordnung für alle Benutzer verfügbar sein soll, wählen Sie 8216Show Spalte string8217, kopieren Sie den Text, und verwenden Sie es, um einen zusätzlichen ReportBuilderColumnArrangementN Eintrag in mascot. dat zu erstellen. Im Bereich "Filter" können die Eiweißzeilen nach mehreren Kriterien gelöscht werden. Konfigurieren Sie den ersten Begriff und übernehmen Sie ihn mit Filter. Die Tabelle wird neu geladen und zusätzliche Steuerelemente angezeigt, damit bei Bedarf ein anderer Begriff hinzugefügt werden kann. Häufig ist ein einzelner Begriff, der erfordert, dass jedes Protein signifikante Übereinstimmungen mit mindestens zwei verschiedenen Sequenzen aufweist, alles, was benötigt wird. Andererseits ist es für einen Quantifizierungsbericht sehr nützlich, eine solche Tabelle zu erstellen, die auf Proteine beschränkt ist, die im 117-Kanal signifikant hochreguliert sind und im 116-Kanal signifikant abgesenkt sind. Nicht zugeordnete Peptid-Matches Die nicht zugewiesene Liste enthält Peptid-Übereinstimmungen, die nicht Protein-Familien zugeordnet sind. In einigen Fällen kann es überhaupt keine Übereinstimmung geben, und nur der beobachtete mz-Wert und der experimentelle Herr werden gegen die Abfrage-Nummer aufgelistet. In anderen Fällen werden Details der Top-Scoring-Peptid-Übereinstimmung aufgelistet. Die Liste ist in Seiten aufgeteilt. Mit den Steuerelementen oben und unten können Sie zwischen den Seiten wechseln und die Anzahl der Treffer pro Seite ändern. Das Kontrollkästchen Nicht zugeordnet zuordnen lässt die Sortierreihenfolge ändern. Die absteigende Punktzahl macht es leicht zu sehen, ob es gute Spiele gibt. Wenn ja, werden Sie wollen die Anzahl der Protein-Familien zu erhöhen oder stellen Sie es auf AUTO, um diese Streichhölzer in den Hauptteil des Berichts zu ziehen. Aufsteigende Abfrage-Nummer ist die gleiche wie aufsteigender Vorläufer Herr Absteigende Intensität ermöglicht es Ihnen, Spektren mit intensiven Spitzen zu finden, die es versäumt haben, ein Spiel zu bekommen. Diese könnten Kandidaten für de novo Sequenzierung sein. Die nicht zugewiesene Tabelle enthält die folgenden Spalten: Query number, hyperlinked to Peptide View. Experimentelle mz-Werte Experimentelle mz, die in eine relative Molekülmasse transformiert wurden Relative Molekularmasse, berechnet aus der angepassten Peptidsequenz Differenz (Fehler) zwischen den experimentellen und berechneten Massen Anzahl der verpassten Spaltstellen Ionen Score Erwartungswert für die Peptid-Übereinstimmung. (Die Zahl, die wir erwarten würden, eine gleich - oder höhere Punktzahl zu erhalten, rein zufällig. Je niedriger dieser Wert, desto signifikanter das Ergebnis). Rang der Peptid-Übereinstimmung, (1 bis 10, wobei 1 die beste Übereinstimmung ist). Dies ist immer 1 für Übereinstimmungen in der nicht zugewiesenen Liste. Wenn es ein Dreieck auf der linken Seite des Ranges, kann die Zeile erweitert werden, um die Alternativen für diese Abfrage anzeigen Sequenz des Peptids in 1-Buchstaben-Code mit modifizierten Resten unterstrichen. Irgendwelche variablen Modifikationen, die verwendet werden, um die Übereinstimmung zu erhalten Wenn Sie die Peptidansicht für eine nicht zugewiesene Abfrage laden, nimmt es das erste Protein, das das übereinstimmende Peptid enthält. Dies kann oder kann nicht das Protein sein, das als Ankerprotein ausgewählt würde, wenn die Formatierung in einer Weise geändert wurde, die bewirkt, dass das Spiel in eine Familie auf der Registerkarte Proteine gezogen wird. Am oberen Rand der Registerkarte befinden sich Textsteuerelemente. Sie können die nicht zugewiesene Liste nach Abfragenummer, Masse, mz-Wert und Peptidsequenz durchsuchen. Wählen Sie die Kategorie aus, geben Sie Text in das Eingabefeld ein und wählen Sie Filter. Wenn der Text gefunden wird, wird die gesamte nicht zugewiesene Liste gefiltert, um entsprechende Abfragen anzuzeigen. Wählen Sie Löschen, um zur Standardanzeige zurückzukehren. Wenn der Text nicht gefunden wird, bietet eine Schaltfläche die Möglichkeit, die Suche auf der Registerkarte Proteine auszuprobieren. Peptide Zusammenfassung Die Abschnitte des Berichts sind in der Reihenfolge beschrieben, in der sie erscheinen. Verwenden Sie diesen Link, um einen Beispielbericht in einem neuen Browserfenster oder Tab zu öffnen. Am oberen Rand des Berichts befinden sich ein paar Zeilen, um die Suche eindeutig zu identifizieren: Suchtitel, Datum, Benutzername usw. Die Datenbankversion wird entweder mit einer Freigabenummer oder mit einem ISO-Dateampel identifiziert. Die Zugänge und Beschreibungen für die Top Scoring Protein Hits sind aufgelistet. Wenn die Suche die automatische Entschlüsselungsoption enthält, werden an dieser Stelle falsche Erkennungsrateninformationen angezeigt. Score Verteilung Nach dem Header, ein Histogramm veranschaulicht die Verteilung der Protein-Kerbe. Die 50 höchsten Proteinwerte werden nach ihrer Punktzahl in 16 Fächer unterteilt, und die Höhen der Balken zeigen die Anzahl der Streichhölzer in jedem Fach. Für eine Suche von MSMS-Daten werden Protein-Scores aus Ionen-Scores als nicht-probabilistische Basis für die Klassifizierung von Protein-Hits abgeleitet. Das Protein-Score-Histogramm hat wenig Bedeutung für MSMS-Ergebnisse, wird aber aus historischen Gründen beibehalten. Der grün schraffierte Bereich reicht bis zu der durchschnittlichen Identitätsschwelle für eine individuelle Peptid-Übereinstimmung. Format-Steuerelemente Diese Steuerelemente ermöglichen das Ändern des Berichtsformats. Nachdem Sie die Änderungen vorgenommen haben, drücken Sie die Schaltfläche "Formblatt", um den Bericht mit den neuen Einstellungen neu zu laden. Berichtsformat Wählen Sie aus der Liste der verfügbaren Formate Signifikanzgrenze Die Standard-Signifikanzschwelle beträgt p lt 0,05. Sie können dies auf einen beliebigen Wert im Bereich 0,99 bis 1E-18 ändern. Maximale Anzahl der Treffer Dieser Wert wurde zunächst bei der Suche ausgewählt. Geben Sie eine positive Ganzzahl ein, wenn Sie die Anzahl der zu meldenden Proteinhits erneut angeben möchten. Natürlich kann die Gesamtzahl der Treffer, die tatsächlich durch die Suche gefunden werden, geringer sein. Wenn Sie das Wort AUTO oder den Wert 0 eingeben, werden alle Treffer angezeigt, die ein Protein-Ergebnis aufweisen, das den durchschnittlichen Wert für die Identitätsschwelle für eine einzelne Peptid-Übereinstimmung überschreitet. Standard oder MudPIT Scoring MudPIT Scoring ist eine aggressivere Protein-Punktzahl, die Protein-Treffer, die hohe Protein-Scores rein, weil sie eine große Anzahl von Low-Scoring-Peptid-Matches entfernt. Es ist die Standard-Proteinbewertung für eine Suche, bei der das Verhältnis der Anzahl der Abfragen zu der Anzahl der Einträge in der Datenbank (nach einem Taxonomiefilter) 0,001 übersteigt. Ionenzähler-Grenzwert Werte größer als 0 und kleiner als 1 wirken als Erwartungswertschwelle, und die Werte für beliebige Peptid-Übereinstimmungen mit höheren Erwartungswerten werden unterdrückt. Werte von 1 oder mehr wirken als Score-Schwelle und alle Peptid-Matches mit niedrigeren Scores werden unterdrückt. Durch die Einstellung dieser auf (sagen) 20, schneiden Sie alle der sehr niedrigen Scoring, zufällige Peptid Streichhölzer. Dies bedeutet, dass homologe Proteine eher zu einem einzigen Treffer zusammenbrechen. Untergruppen anzeigen Standardmäßig zeigt jeder Treffer in einer Peptid-Zusammenfassung den Satz von Proteinen an, die mit einem bestimmten Satz von Peptiden übereinstimmen. Proteine, die mit einem Untersatz dieser Peptide übereinstimmen, werden nicht gezeigt. Sie können wählen, diese zusätzlichen Protein-Treffer zu zeigen, aber bewusst sein, dass dies den Bericht sehr viel länger machen kann. Um alle Subset-Proteine anzuzeigen, setzen Sie Show sub-sets auf 1. Um keine Subset-Proteine anzuzeigen, setzen Sie sie auf 0. Zwischenwerte legen einen Schwellenwert für die Differenz der Protein-Werte zwischen dem primären Treffer und dem Subset-Treffer fest Ausgedrückt als Bruchteil. Wenn zum Beispiel der Protein-Score des primären Treffers 400 war, und Show-Sub-Sets 0,75 war, würden Subset-Treffer mit Werten von 100 oder mehr angezeigt. Popups anzeigen oder unterdrücken Die JavaScript-Popup-Fenster, die die Top 10-Peptid-Übereinstimmungen für jede Abfrage anzeigen, sind sehr nützlich, aber sie machen den HTML-Bericht größer und langsamer, um sie in einem Webbrowser zu laden. Wenn Sie einen Bericht haben, der nie zu laden scheint oder sehr langsam zu scrollen ist, versuchen Sie, die Popups zu unterdrücken. Sortieren nicht zugeordnet Dies sind Sortierungsoptionen für die Liste von Peptid-Übereinstimmungen, die nicht Protein-Hits zugeordnet sind. Die absteigende Punktzahl macht es leicht zu sehen, ob es gute Spiele gibt. Wenn ja, werden Sie die Anzahl der Protein-Treffer zu erhöhen oder setzen Sie es auf AUTO, um diese Streichhölzer in den Hauptteil des Berichts zu ziehen. Aufsteigende Abfrage-Nummer ist die gleiche wie aufsteigender Vorläufer Herr Absteigende Intensität ermöglicht es Ihnen, starke Spektren zu finden, die ein Spiel nicht erhalten haben. Diese könnten Kandidaten für de novo Sequenzierung sein. Erforderlich fett rot Erfordern ein Protein-Hit mindestens eine fette rote Peptid-Übereinstimmung enthalten ist ein guter Weg, um doppelte homologe Proteine aus einem Bericht zu entfernen. Weitere Informationen finden Sie in der Diskussion in Results Interpretation. Die folgenden Steuerelemente werden nur für bestimmte Suchtypen angezeigt: UniGene-Index (Wird nur bei der Suche nach einer Nucleinsäure-Datenbank angezeigt, wenn UniGene-Indexdateien konfiguriert wurden) Wählen Sie den UniGene-Index, der für die Clusterung der Proteintreffer in genbasierte Familien verwendet wird. Fehlertolerante Übereinstimmungen ausblenden (wird nur für eine automatische fehlertolerante Suche angezeigt) Überprüfen Sie, ob die zusätzlichen, fehlertoleranten Übereinstimmungen ausgeblendet werden sollen. Show Percolator scores (Nur für Suchvorgänge angezeigt, die die Anforderungen für die Verwendung von Percolator erfüllen) Überprüfen Sie, ob die von Percolator angepassten Scores und Erwartungswerte angezeigt werden sollen. Wenn die Suche ein Quantifizierungsverfahren verwendet, das das Multiplex - oder Reporter-Protokoll spezifiziert, wird es einen zusätzlichen Block von quantitätsbezogenen Kontrollen geben, wie hier beschrieben. Wiederholen einer Suche Eine Suche kann leicht wiederholt werden, um den Effekt von Änderungen der Suchparameter zu untersuchen. Abfragen können im Ergebnisreport ausgewählt und in ein Suchformular geladen werden, in dem die Suchparameter geändert werden können. Die Kontrollkästchen für die Auswahl von Abfragen für eine Wiederholungssuche sind im Berichtskörper enthalten, wo immer die höchste Ranganzahl für eine bestimmte Abfrage erscheint. Sie können einzelne Kontrollkästchen aktivieren oder die Schaltflächen Alle auswählen und Keine auswählen, um die Status aller Kontrollkästchen zu ändern. Search Selected ruft das Suchformular auf. Es gibt eine zweite Reihe von Checkboxen, eine für jeden Protein-Hit, die einen doppelten Zweck haben. Wenn Sie eine manuelle fehlertolerante Suche durchführen möchten. Aktivieren Sie das Kontrollkästchen Error Tolerant und wählen Sie anschließend die zu durchsuchenden Proteine aus. Drücken Sie Suchen, um das Suchformular aufzurufen. Wenn das Kontrollkästchen Error Tolerant nicht markiert ist, markieren die Kontrollkästchen Protein-Treffer für eine Protein-Trefferliste für den Archivbericht. Der Körper des Peptide Summary-Berichts enthält eine tabellarische Auflistung der Proteine, sortiert nach absteigender Proteinkennzahl. Für jedes Protein enthält die erste Zeile den Accession-String, (verbunden mit der entsprechenden Protein-Ansicht), die Protein-Molekularmasse und die Protein-Punktzahl. Die Anzahl der auf das Protein abgestimmten Abfragen vervollständigt die erste Zeile. Die zweite Zeile ist die Proteinbeschreibung aus dem Fasta Eintrag. Darauf folgt eine Tabelle, die die übereinstimmenden Peptidmassen zusammenfasst. Die Tabellenspalten enthalten: Kontrollkästchen zum Auswählen von Abfragen für eine Wiederholungssuche werden in der ersten Spalte einer Zeile mit dem ersten Erscheinungsbild einer übergeordneten Übereinstimmung angezeigt. Abfrage-Nummer, hyperlinked zu Peptide View. Experimentelle mz-Werte Experimentelle mz, die in eine relative Molekülmasse transformiert wurden Relative Molekularmasse, berechnet aus der angepassten Peptidsequenz Differenz (Fehler) zwischen den experimentellen und berechneten Massen Anzahl der verpassten Schnittstellen Ions Score 8211 Wenn doppelte Übereinstimmungen mit demselben Peptid vorliegen, Niedrigere Scoring-Matches werden in Klammern gezeigt. Erwartungswert für die Peptid-Übereinstimmung. (Die Zahl, die wir erwarten würden, eine gleich - oder höhere Punktzahl zu erhalten, rein zufällig. Je niedriger dieser Wert, desto signifikanter das Ergebnis). Rang der Ionen entsprechen, (1 bis 10, wobei 1 die beste Übereinstimmung ist). Ein Buchstabe U, wenn die Peptidsequenz für den Protein-Hit Sequenz des Peptids in 1-Buchstaben-Code eindeutig ist. Die Reste, die die Peptidsequenz im Protein tragen, sind ebenfalls durch Perioden begrenzt dargestellt. Wenn das Peptid den Protein-Terminus bildet, wird stattdessen ein Bindestrich angezeigt. Irgendwelche variablen Modifikationen, die im Peptid gefunden werden Wenn die Suche ein Quantifizierungsverfahren verwendet, das das Multiplex - oder Reporter-Protokoll spezifiziert, gibt es zusätzliche Zeilen und Spalten von Quantifizierungsinformationen, wie hier beschrieben. Eine abkürzte Auflistung folgt für alle Proteine, die denselben Satz von Peptid-Übereinstimmungen enthalten. Es ist auch möglich, Proteine anzuzeigen, die einen Teilsatz von Peptid-Übereinstimmungen enthalten, dieser ist jedoch standardmäßig deaktiviert. Sie kann global in der Konfigurationsdatei mascot. dat aktiviert oder für einen einzelnen Bericht aktiviert werden, indem das Kontrollkästchen in den Formatkontrollen verwendet wird. Gelbes Pop-up Durch Klicken auf den Abfrage-Nummern-Link wird die Peptid-Ansicht für das Spiel in einem neuen Browserfenster oder Tab geöffnet. Wenn Sie den Mauszeiger über dem Abfrage-Nummernlink halten, wird ein Popup-Fenster angezeigt, in dem die vollständige Liste der Peptid-Übereinstimmungen für diese Abfrage angezeigt wird. Im Popup-Fenster wird der Abfragetitel (falls vorhanden) gefolgt von einem oder zwei Signifikanzschwellen angezeigt, die hier im Detail beschrieben werden. Darunter befindet sich eine Tabelle mit Informationen über die am höchsten bewerteten Peptide für die Abfrage: Ionenbewertung Erwartungswert Differenz (Fehler) zwischen den experimentellen und berechneten Massen Trefferzahl des (ersten) Proteins, das die Peptid-Übereinstimmung enthält. A plus sign indicates that multiple proteins contain a match to this peptide Accession string of the (first) protein containing the peptide match. Sequence of the peptide in 1-letter code. If a variable modification has been used to obtain a match, the modified residue is underlined. If the residues that bracket the peptide sequence are the same in all the proteins that contain it, then these residues are also shown, delimited by periods. If the peptide forms the protein terminus, then a dash is shown instead. Unassigned Peptide Matches The unassigned list contains peptide matches that are not assigned to proteins in the body of the report. In some cases, there may be no match at all, and only the observed mz value and the experimental Mr will be listed. In other cases, the top scoring peptide match will be listed. So, unassigned doesn8217t necessarily mean unmatched or not significant. Its the overflow, if you like. If you reformat the report, asking for more and more protein hits, all of the unassigned matches with non-zero scores would eventually get pulled into the body of the report. When you load the peptide view for an unassigned query, it takes the first protein containing the matched peptide. This may or may not be the protein that would be selected as the primary hit if the peptide match was pulled into the body of the report. Search Parameters At the foot of the report, the search parameters are summarised. Descriptions of individual search parameters can be found here . Select Summary Use this link to open an example report in a new browser window or tab. The Select Summary was inspired by David Tabb8217s DTASelect. It is very similar to the Peptide Summary. but more compact because multiple matches to the same peptide sequence are collapsed into a single line. Also, the list of peptide matches that are not assigned to any protein hit is split off into a separate report. The differences between the Select Summary and the Peptide Summary are as follows: The Search Parameters are moved up into the header There is no Score Distribution histogram There are no checkboxes against protein hits or peptide matches. The choices for repeating a search are set by radio buttons for All queries . Unassigned . Below homology threshold . and Below identity threshold . This means that you cannot use a Select Summary for a manual error tolerant search or to create an Archive Report In the Protein Hit List. if multiple queries match to the same peptide (the same sequence, modifications and charge state) full details are displayed for the highest scoring match only. Any matches with lower scores are listed as additional query number links after the peptide sequence. Variable modifications are not listed after the peptide sequence, but are indicated by underlined residues. Unassigned Peptide Matches are split off into a separate report. Use the format controls to display this report. Archive Report Use this link to open an example report in a new browser window or tab. An Archive Report is a Peptide Summary in which only selected protein hits appear. There is no unassigned list and no controls for changing the format or repeating the search. You might use this format to give a colleague a list of validated protein hits, or to remove hits that are contaminants or of no interest, etc. In References, import DAO 3.6 object reference. Sie können Datenobjekte wie Abfragen und gefilterte Tabellen auf unterschiedliche Weise interagieren: Sie sollten auch nach Filtereigenschaft des Recordset-Objekts suchen, um nur die gewünschten Datensätze zu filtern und dann mit ihnen auf die gleiche Weise zu interagieren (siehe VB6-Hilfe im MS-Access-Codefenster) ) Oder erstellen Sie ein QueryDef-Objekt, um eine Abfrage auszuführen und es als Re-Cord-Set zu verwenden (ein wenig mehr tricky). Sagen Sie mir, wenn Sie eine andere aproach wollen. Ich hoffe, Ive geholfen. Beantwortet Mai 3 11 at 12:33 Ein paar Kommentare: es gibt keinen Vorteil, um eine. MoveLast vor Ihrer. MoveFirst, es sei denn, Sie benötigen eine genaue Aufzeichnung der Recordset. Andernfalls müssen Sie nur Ressourcen verschwenden, die bis zum Ende des Re-Cord-Sets und zurück zum Anfang wieder ohne Zweifel gehen. Ndash David-W-Fenton Ich don39t sehen, dass es viel Nutzen für die Filterung eines bestehenden Re-Cord-Set. Der teure Teil des Prozesses ist das Öffnen der Recordset. Wenn Sie eine Teilmenge von Datensätzen benötigen, dann starten Sie mit diesem Filter. Otherwise, it doesn39t make a lot of sense to filter a recordset and then do something with the results. Ndash David-W-Fenton Mai 6 11 at 3:39 Hallo David-W-Fenton, vielen Dank für deinen Rat. Ich denke nur, dass für kleine Tische, bevölkert Recordset ist es wert, Daten in den Speicher laden und verbessern Geschwindigkeit auf Methoden wie suchen. Das Verschieben von Recordset zu seinem Ende und dann zu seinem Anfang wird auch in Access-Hilfe angezeigt. Ndash Alex May 24 11 at 13:51 Ich denke, Sie haben es rückwärts - je kleiner das Re-Cord-Set, desto weniger Wert ist es, es in ein Re-Cord-Set laden, weil Jet wird die gesamte kleine Tabelle im Speicher Cache. SEEK sollte vermieden werden, da es wirklich keinen Zweck, außer in einer sehr kleinen Teilmenge von ganz besonderen Fällen dient. Ndash David-W-Fenton May 28 11 at 20:38 Gefunden einen guten Code mit Kommentaren erklären jede Aussage. Code gefunden bei - accessallinone Recordsets haben zwei wichtige Eigenschaften beim Durchlaufen von Daten, EOF (End-Of-File) und BOF (Anfang der Datei). Recordsets sind wie Tabellen und wenn Sie durch eine Schleife, werden Sie buchstäblich von Datensatz auf Datensatz in der Reihenfolge. Wenn Sie sich durch die Datensätze bewegen, wird die EOF-Eigenschaft auf false gesetzt, aber nach dem Versuch und dem letzten Datensatz vorbei, wird die EOF-Eigenschaft wahr. Dies funktioniert umgekehrt für die BOF-Eigenschaft. Diese Eigenschaften lassen uns wissen, wann wir die Grenzen eines Recordsets erreicht haben. answered Feb 27 16 at 14:22
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